经过及时的抗病毒治疗，丙肝病毒很有可能从体内完全清除，从而获得治愈。但有部分丙肝患者无法获得完全清除，只能将病毒抑制在很低的浓度，从而不会继续对肝功能造成明显的损害，因此还是需要定期复查，以防止丙肝病毒的复制反弹。
总体来说，丙肝患者的预后较好。急性丙肝患者经过干扰素抗病毒治疗，90%可以完全清除病毒，从而彻底痊愈。慢性丙肝患者经过标准抗病毒治疗，也有可能完全清除病毒获得痊愈，但也有部分患者无法彻底清除丙肝病毒，只能将其抑制在较低的浓度，不会造成明显的肝功能损伤，不会影响到正常的生活和工作。
经过干扰素抗病毒治疗后，很多丙肝患者的病毒检测结果转阴，但疗效有所区别。使用普通干扰素进行治疗的丙肝患者，在停用干扰素后，有大约15%患者出现了病毒复制反弹。使用长效干扰素进行治疗的丙肝患者，坚持1年的疗程后，病毒复制反弹的几率小于5%。
需要注意的是，病毒检测结果转阴后并不代表体内没有残留丙肝病毒，只是代表体内的丙肝病毒处于较低的滴度，不会明显影响肝功能。因为临床上广泛使用的试剂，只可以检测出1000 IU/ml以上的病毒浓度，如果再低的话，就无法检测。
病毒检测结果转阴后，想知道自己体内是否残留丙肝病毒，可以进行高灵敏度的丙肝病毒定量检测，这种检测可以查出15 IU/ml以上的结果。如果停用抗病毒药物后，丙肝病毒检测的滴度小于15 IU/ml，丙肝抗体检测是阴性的，而且停药12周时仍旧检测不到丙肝病毒复制，那么患者体内的丙肝病毒很有可能获得了完全清除。
