甲肝和乙肝的区别主要在于病原体、传播途径以及预后的不同。从病因来看，甲肝病毒是RNA病毒，乙肝病毒是DNA病毒;从传播途径看，甲肝以消化道传播为主，而乙肝则有母婴、血液、性接触等多种重要传播途径;从预后来看，甲肝患者比乙肝容易治疗，治愈率更高。
1、病因不同
甲肝患者是由甲肝病毒(HAV)感染引起的，HAV为小RNA病毒，人类感染HAV后，大多表现为隐性感染或只引起轻微的临床症状，只有少数患者会表现为明显症状，但一般可完全恢复，不转为慢性肝炎，也没有慢性携带者。乙肝患者是由乙肝病毒(HBV)感染引起的，HBV 为DNA病毒，人类感染HBV后，极有可能转为慢性肝炎和携带者。
2、传播途径不同
甲肝以粪-口传播为主要渠道，贝类等饮食是甲肝流行的主要方式。相对来说，乙肝的传播途径更加复杂。乙型肝炎以母婴、血和血液制品、密切生活接触传播以及性接触等途径为主要传播方式。
3、预后不同
甲肝以急性为主，没有慢性化，病程短，预后较好。90%以上的患者因症状轻微，不经治疗而自愈，少数病例虽然症状较重，但经过积极治疗也能得到痊愈。乙肝的预后没有甲肝好，乙肝容易慢性化，潜伏期长，治疗周期长，可表现为急性肝炎、乙肝病毒携带者、慢性肝炎和重型肝炎等多种类型，而且转为重型肝炎后治疗难度大。
