济生肾气丸和金匮肾气丸在药物组成、功效作用上存在一定区别。济生肾气丸是在六味地黄丸的基础上添加了附子、肉桂、牛膝和车前子，而金匮肾气丸是在此基础上添加了附子和桂枝。在功效上，两种药物都能温补肾阳，改善肾虚水肿，但济生肾气丸的作用更广泛一些。